Les secteurs du transport et de l'habitat sont également de grands générateurs de CO2. Cependant, leurs émissions étant diffuses, elles ne peuvent pas être captées telles quelles et devront être réduites en amont via plusieurs méthodes :
la réduction des consommations d’énergie
l’utilisation d’autres sources d’énergie émettant moins de CO2 une centralisation de la production, ce qui permettrait de concentrer les émissions et de les capter
Les émissions du secteur des transports pourraient également être réduites par l'utilisation de carburants propres, tels que l'hydrogène. Actuellement, même si l’hydrogène ne dégage pas de gaz à effet de serre lors de son utilisation, la production d’hydrogène repose majoritairement sur les énergies fossiles. Dans la perspective d'une utilisation importante de l'hydrogène, un recours au CSCV serait indispensable pour diminuer les émissions de CO2 induites lors de sa production.